Juhatus on Audiitorkogu juhtorgan, mis korraldab kogu Audiitorkogu tegevust, arvestades audiitortegevuse seaduses sätestatud piiranguid. Juhatuse liikmed valitakse vandeaudiitorite hulgast üldkoosoleku poolt kolmeks aastaks. Juhatuse peamine töövorm on koosolek.

04. juuni 2019 üldkoosolekul kolmeks aastaks valitud juhatuse koosseis on: Indrek Alliksaar, Veiko Hintsov, Eeli Lääne, Mart Nõmper, Kersti Ruut ja Sven Siling. Audiitorkogu president, kelle ametiaja tsükkel on erinev ülejäänud juhatuse omast, kuulub samuti juhatuse koosseisu ja korraldab selle tööd.

Märt-Martin Arengu
Veiko Hintsov
Indrek Alliksaar
Eeli Lääne