Juhatus on Audiitorkogu juhtorgan, mis korraldab kogu Audiitorkogu tegevust, arvestades audiitortegevuse seaduses sätestatud piiranguid. Juhatuse liikmed valitakse vandeaudiitorite hulgast üldkoosoleku poolt kolmeks aastaks. Juhatuse peamine töövorm on koosolek.

13. mai 2016 üldkoosolekul kolmeks aastaks valitud juhatuse koosseis on alates 2. november 2016: Indrek Alliksaar, Veiko Hintsov,  Mati Nõmmiste, Lauri Past, Sven Siling ja Sergei Tšistjakov. Audiitorkogu president, kelle ametiaja tsükkel on erinev ülejäänud juhatuse omast, kuulub samuti juhatuse koosseisu ja korraldab selle tööd.

Märt-Martin Arengu
Mati Nõmmiste
Indrek Alliksaar
Veiko Hintsov