Metodoloogiakomisjon on Audiitorkogu juhatuse poolt moodustatud püsivalt tegutsev nõuandva õigusega komisjon, mille ülesandeks on vandeaudiitori kutseteenuseid puudutava metodoloogia analüüsimine, sellega seonduvate küsimuste arutamine ning Audiitorkogu juhatusele ettepanekute tegemine eesmärgiga tagada kutsealase metodoloogia pidev areng.